Willem Rudolph Diephuis werd geboren in 1887 in een middenklasse gezin. Zijn vader was rijksontvanger (belastingambtenaar) in Groningen, maar het gezin woonde in Zuidhorn, na eerder korte tijd in Oost-Groningen en Friesland te hebben gewoond. Willem had vijf broers, allemaal ouder dan hij. Hij slaagde in 1901 voor het toelatingsexamen voor de 3-jarige HBS in Groningen en na de HBS studeerde hij theologie in Groningen.
